شورای انضباطي دانشجويان تنها مرجع مؤسسه است كه صلاحيت رسيدگي به تخلفات دانشجويان را دارا است. مبناي ساختار و نحوۀ رسيدگي و نيز مبناي آراي اين شورا ، آیین‌نامۀ مصوب شوراي عالي انقلاب فرهنگي و شيوه نامه اي است كه به تصويب وزراي «علوم، تحقيقات و فناوری» و «بهداشت و درمان و آموزش پزشكي» رسيده است. شورای انضباطي مؤسسه شامل بخش دبيرخانه و شورای بدوي است، و شورای تجدیدنظر مؤسسه در دانشگاه فردوسی مشهد تشکیل می شود.
شورای بدوی متشکل از معاون دانشجویی، یک عضو هیأت علمی، يكي از اعضاي هيأت علمي گروه معارف يا حقوق مؤسسه و يا نماینده دفتر نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در مؤسسه، دو عضو دانشجو و دبیر شورای بدوی انضباطی است.
شورای انضباطي بدوی از نظر اداري، در حوزۀ معاونت دانشجويي قرارمي گيرد؛ اما از نظر بررسي پرونده ها، برخورد با تخلفات و صدور آرا كاملاً مستقل است و غير وابسته به سيستم اداري مؤسسه عمل مي كند.
مصادیق پوشش ( مجاز و غیرمجاز) ويژه دانشجويان در تبيين بند 3/د ماده 6 آيين نامه انضباطي دانشجويان
مصوب جلسه 197 شوراي اسلامي شدن دانشگاه‌ها و مراكز آموزشي ابلاغ شده طی بخشنامه 1278/ک.م مورخ 89/8/22 معاونین دانشجویی و فرهنگی وزیر